തൊടുപുഴ ന്യൂമാന് കോളേജില് ബി.കോം രണ്ടാവര്ഷ ഇന്റേര്ണല് പരീക്ഷക്ക് വേണ്ടി തയ്യാറാക്കിയ ചോദ്യപേപ്പറാണ് വിവാദത്തിലായത്. സംഘര്ഷങ്ങളും പ്രതിഷേധങ്ങളുമുണ്ടായതിനെത്തുടര്ന്ന് ജോസഫിനെതിരെ മാനേജ്മെന്റ് നടപടിയെടുക്കുകയായിരുന്നു. മതവികാരം വ്രണപ്പെടുത്തിയതിന് കേസും രജിസ്റ്റര് ചെയ്യപ്പെട്ടു. എന്നാല് ഈ കേസില് നിന്നും ജോസഫിനെതിരെ കോടതി കുറ്റവിമുക്തനായിട്ടുണ്ട്.
കേസില് പോപ്പുലര് ഫ്രണ്ട്, എന്.ഡി.എഫ് സംഘടനകളുടെ നിരവധി പ്രവര്ത്തകരാണ് പ്രതികളായിട്ടുള്ളത്. സംഭവത്തില് തീവ്രവാദ ബന്ധമുണ്ടെന്ന സാഹചര്യത്തിലാണ് കേസ് എന്.ഐ.എ ഏറ്റെടുക്കുന്നത്. നാല് വര്ഷത്തിനു ശേഷമാണ് കേസില് അന്തിമ വിധി വരുന്നത്.