അഫ്സല് ഗുരുവിന്റെ ഭൗതികാവശിഷ്ടങ്ങള് തിരിച്ചു നല്കണമെന്ന പി.ഡി.പിയുടെ ആവശ്യവും അദ്ദേഹം പിന്തുണച്ചു. ഭൗതികാവശിഷ്ടങ്ങള് തിരികെ നല്കുന്നതിലും അഫ്സലിന്റെ ഭൗതികാവശിഷ്ടം കാശ്മീരിലെത്തിക്കുന്നതിലും എന്താണ് പ്രശ്നമെന്നും മണിശങ്കര് അയ്യര് ചോദിച്ചു.
അതേസമയം മണിശങ്കരുടെ പ്രസ്താവനകള്ക്കെതിരെ ശിവസേന രംഗത്തുവന്നു. “അദ്ദേഹം ഇവിടെയല്ല പാക്കിസ്താനിലാണ് ഇത്തരം പ്രസ്താവനകള് നടത്തേണ്ടത്. രാജ്യദ്രോഹിയായതുകൊണ്ടാണ് അഫ്സല് ഗുരുവിനെ തൂക്കിലേറ്റിയത്”. ശിവസേന നേതാവ് സഞ്ജയ് റാവുത്ത് പറഞ്ഞു.
അതേസമയം അഫ്സല് ഗുരുവിന്റെ ഭൗതികാവശിഷ്ടങ്ങള് തിരികെ നല്കണമെന്ന ആവശ്യം സാധ്യമാവില്ലെന്നും കാരണം തീഹാര് ജയിലിലെ ശ്മശാനത്തില് വെച്ച് ഗുരുവിന്റെ മൃതദേഹം അഗ്നിയില് ദഹിപ്പിക്കുകയായിരുന്നുവെന്നും ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയ വൃത്തങ്ങള് പറയുന്നു. യു.പി.എയുടെ അധികാരകാലത്ത് 2013 ഫെബ്രുവരി 9നാണ് അഫ്സല് ഗുരുവിന്റെ വധശിക്ഷനടപ്പിലാക്കിയത്.