അദ്ദേഹം ചുരുങ്ങിയത് മൂന്നു തവണയെങ്കിലും വധശിക്ഷയെ എതിര്ത്തു സംസാരിച്ചിരുന്നു. അധികാരത്തിലിരിക്കുന്ന സമയം അദ്ദേഹം 50 വധശിക്ഷാ കേസുകള് പുനപരിശോധനയ്ക്കായി തിരിച്ചയക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
2004ല് കൊല്ക്കത്തയതില് പെണ്കുട്ടിയെ ബലാത്സംഗം ചെയ്തുകൊന്ന ലിഫ്റ്റ് ഓപ്പറേറ്ററായ ധാന്നജയ് ചാറ്റര്ജിയുടെ ദയാഹര്ജി മാത്രമാണ് അദ്ദേഹം തള്ളിയത്. വളരെ മടിയോടുകൂടിയാണ് താനിതു ചെയ്തതെന്ന് കലാം പിന്നീട് വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
2005ല് രാഷ്ട്രപതി ഭവനിലുള്ള സമയത്ത് 50 ദയാഹര്ജികളാണ് അദ്ദേഹം തിരിച്ചയച്ചത്. എന്തുകൊണ്ടാണ് ഈ കേസുകളില് ദയാവായ്പ് പരിഗണിക്കാത്തത് എന്നുചോദിച്ചുകൊണ്ടാണ് അദ്ദേഹം തിരിച്ചയച്ചത്.
അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഉപദേശം നിരസിക്കാന് ആഭ്യന്തരമന്ത്രാലയം തീരുമാനിച്ചപ്പോള് ദയാഹര്ജി തള്ളേണ്ടതില്ലെന്ന് അദ്ദേഹം തീരുമാനിച്ചു. ഇവരില് ഭൂരിപക്ഷം പേര്ക്കും രണ്ടാം യു.പി.എ സര്ക്കാറിന്റെ കാലത്ത് ദയ നല്കുകയും ശിക്ഷയില് നിന്ന് ഒഴിവാക്കുകയും ചെയ്തു.
ഒരു ദശാബ്ദത്തിനുശേഷം വധശിക്ഷ വിഷയത്തില് പ്രതികരിക്കാന് നിലപാടെടുക്കാന് നിയമകമ്മീഷനുമേല് സമ്മര്ദ്ദം ചെലുത്തി. രാഷ്ട്രപതി ഭവനിലെ അനുഭവ പരിചയം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി കലാം ഈ വിഷയത്തില് രാഷ്ട്രപതി ഓഫീസ് കണ്ടെത്തിയ കാര്യങ്ങള് വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തു. രാഷ്ട്രപതിക്കു മുമ്പാകെ വന്ന മിക്ക കേസുകള്ക്കും സാമൂഹ്യ രാഷ്ട്രീയ മുന്വിധിയുണ്ടെന്നാണ് തനിക്കു കണ്ടെത്താനായത് എന്നാണ് കലാം പറഞ്ഞത്.
വധശിക്ഷയുടെ എല്ലാ വശങ്ങളും ദയാഹര്ജികളും പാര്ലമെന്റില് ചര്ച്ച ചെയ്തശേഷം വധശിക്ഷ സംബന്ധിച്ച് സമഗ്രമായ നയം വേണ്ടതിന്റെ ആഴശ്യകതയുണ്ടെന്നും അദ്ദേഹം അഭിപ്രായപ്പെട്ടിരുന്നു.